人は感情移入がしやすいと小説でもゲームでも、知らず知らずにその世界に入り込んでしまうものです。
好きな漫画やアニメのキャラクターがゲームになった場合、すでにそのアニメや漫画の世界観が好きなユーザーが多いのでその世界を壊さないようにしなくてはいけません。
難しいのは主人公は1人なのに、サブ的な存在がたくさん存在するアニメや漫画の場合です。
主人公にファンがいるのは分かるのですが、それ以外のサブにもファンがいるのです。
最近では敵役のファンもいたりしますので、キャラクターをどう上手く使っていくかがポイントになってきます。
それぞれのキャラクターのファンが、同様に楽しめるようなゲーム展開を考えなくてはいけませんから、ストーリー性が重視されるゲーム内容ではかなり厳しいかと思います。
最初にユーザーがメインにするキャラクターを選択できるゲームもありますが、これはこれでストーリーをキャラクターの分を考えなくてはいけないのと、それだけ込み入った内容をどこまで対応できるか、メンテナンスなども追いつくのかといった問題も出てきます。
簡単単純なゲーム内容で「ものさがし」のような内容であれば、多数のキャラクターごとに発見できるアイテムを変えたり出来ますのですべてのキャラクターをクリアしたくなるユーザー心をくすぐるかもしれません。
ストーリー性の強いゲームにする場合は管理が大変ですし、そのアニメや漫画の世界観を壊してしまうことにもなりかねませんので、出来ればストーリー性の高いキャラクターゲームを制作する時にはキャラクターゲームエンジニアがしっかりとしたラインを決めておく方が途中で方向性がずれてしまうようなこともないかと思います。